螢光支氣管鏡與傳統式在危險性的分別上,並不會因為螢光而增加。
螢光支氣管鏡同樣可以在呼吸道局部麻醉下進行檢查,發現病變時,同樣可以做檢體切片檢查,檢查產生的併發症頻率也是一樣的。不同的是,螢光支氣管鏡檢查使用螢光技術偵測每一個氣管分支,所花費的時間大約多出15分鐘。